Natknąłem się na taki problem: chciałem aby program nie wyświetlał się w barze mimo, że jest uruchomiony. Rozwiązania szukałem dość długo, przegrzebałem sporą ilość dokumentacji, jednak nie znalazłem nic stosownego. Pomoc otrzymałem dopiero na kanale irca dedykowanym fluxboxowi. A oto rozwiązanie: w pliku ~/.fluxbox/apps dodajemy:

[app] (NAZWA_PROGRAMU)
  [IconHidden]
[end]

Np.:

[app] (Eterm)
  [IconHidden]
[end]

Efekt jest taki, że programy o podanej nazwie, nie pojawiają się w barze.